适用范围有限：只能处理含有磁性或可磁化物质的废水，对于大量非磁性污染物的去除效果不佳。

预处理要求高：对于本身不具有磁性的污染物，需要添加磁种进行预处理，这增加了工艺流程的复杂性和成本。

磁种回收问题：虽然磁种可以回收再利用，但在回收过程中可能会有一定的损失，长期运行可能导致磁种补充成本增加。

磁场干扰因素：外界环境中的温度、湿度、电磁场等因素可能会对磁场的稳定性和强度产生影响，从而影响处理效果。

对有机物处理能力有限：对于一些复杂的有机污染物，磁分离技术往往难以直接将其有效去除。

设备成本较高：高性能的磁分离设备制造和维护成本相对较高，可能限制了一些中小企业的应用。

处理效果受水质波动影响：工业废水的水质成分和浓度可能会有较大波动，这可能会影响磁分离的效果和稳定性。